A sztori azzal kezdődik, hogy a 17 éves fiú, Serge átkerül egy másik világba. Először nem tűnik fel neki semmi, minden olyan, mint volt. Aztán megtudja, hogy őt itt senki nem ismeri , és a Serge nevű fiú ebben a világban 10 évvel ezelőtt meghalt. Teljesen összezavarva három alakba botlik , akiknek parancsuk van arra , hogy a halott Serge lelkét elfogják. A harcba besegít egy Kid nevű lány is , így könnyen leverik a három fickót. Kettőjüknek ugyanaz a céljuk és Segre ki akarja deríteni, mi is folyik ebben a világban. Sege ba akar jutni a Viper Manor-ba, hogy kiderítse , hogy miért követik őt. Kid nem mond semmit, miért akar velemenni a Viper Manor-ba.

Ezzel kezdetét veszi egy komplex , összezaveró sztori, ami, nem úgy, mint a Chrono Trigger-ben különböző idősíkokban játszódik, hanem két párhuzamos világban, amik teljesen azonosak, de két különböző idővonalban vannak.Ezáltal néha muszáj a két világ között váltogatni, amivel a játékos még jobban belegabajodik a sztoriba.Egy hatalmas kaland, két párhuzamos világ között, különböző világok között, egy rakás karakter, akik Serge oldalán harcolnak, és új szörnyeket kínál a Chrono Chross.Elsőre kicsit zavaros az egész de ha a játékot vittük egy kicsit, akkor nagyon jól meg lehet érteni a sztorit és az ember boldog , hogy végigvitte a játékot.

Raven